Aider les chercheurs sur le cancer de sens de déluge de données génétiques

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Un outil de recherche Internet récemment améliorée aide les chercheurs et les médecins cancer donner un sens à un déluge de données génétiques de près de 100 000 patients et plus de 50 000 souris.

L'outil, appelé l'expression du gène Barcode 3.0, se avère être une ressource vitale dans la nouvelle ère de la médecine personnalisée, dans lequel les traitements du cancer sont adaptés à la composition génétique de la tumeur d'un patient individuel.

De nouvelles améliorations significatives dans l'expression du gène Barcode 3.0 sont rapportés dans le numéro de Janvier de la revue Nucleic Acids Research, publié en ligne avant impression. Auteur principal est Michael J. Zilliox de Loyola University Chicago Stritch School of Medicine. Zilliox est co-inventeur du code à barres de l'expression génique.

"L'outil a deux avantages principaux», a déclaré Zilliox. "Il est rapide et ce est gratuit." Le code à barres de l'expression génique est disponible sur un site Web http://barcode.luhs.org/ conçu et hébergé par l'Université Loyola de Chicago Stritch School of Medicine. Le site reçoit 1600 visiteurs uniques par mois.

Savoir comment les gènes du cancer d'un patient sont exprimés peut aider un médecin concevoir un traitement individualisé. Dans une cellule tumorale, par exemple, certains gènes sont activés (exprimés), tandis que d'autres gènes sont éteints (non exprimé). En outre, différents types de cellules cancéreuses ont des profils d'expression génique. Les gènes sont exprimés à travers l'ARN, un acide nucléique qui agit comme un messager d'exécuter les instructions de l'ADN pour fabriquer des protéines.

Les institutions de recherche ont fait des données génétiques publiques de près de 100 000 patients, dont la plupart avaient un cancer, et plus de 50 000 souris de laboratoire. Sous forme brute, cependant, ces données sont trop lourds pour être d'une grande utilité pratique pour la plupart des chercheurs. L'expression du gène Barcode applique des techniques statistiques avancées pour faire de cette masse de données beaucoup plus aux chercheurs conviviale.

L'algorithme de code à barres est conçu pour estimer quels gènes sont exprimés, et qui sont non exprimée. Comme un code à barres de supermarchés, le code à barres de l'expression génique est binaire, ce qui signifie qu'il se compose de uns et de zéros - les gènes exprimés sont ceux et les gènes non exprimés sont des zéros.

Zilliox co-inventé le Gene Expression Barcode, avec Rafael Irizarry, PhD. (À l'époque, Zilliox et Irizarry étaient à l'Université Johns Hopkins.) Zilliox rejoint Loyola en 2012, et Irizarry est maintenant au Dana Farber Cancer Institute. Zilliox et Irizarry rapportées Gene Expression Barcode en 2007. En 2011, ils ont rapporté une version améliorée 2.0. Le code à barres a déjà été cité dans plus de 120 articles scientifiques, et la nouvelle version 3.0, il sera encore plus facile et plus rapide pour les chercheurs à utiliser, Zilliox dit.