Base de données des gènes de la maladie montre thérapies médicamenteuses potentielles

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Des chercheurs de la Washington University School of Medicine à St. Louis ont créé une base de données en ligne massive qui correspond à des milliers de gènes liés au cancer et d'autres maladies avec des médicaments qui ciblent ces gènes. Certains des médicaments sont approuvés par la Food and Drug Administration des États-Unis, tandis que d'autres sont dans des essais cliniques ou tout simplement entrer dans le pipeline de développement de médicaments.

La base de données a été développé par deux frères jumeaux identiques, Obi Griffith, Ph.D., et Malachie Griffith, Ph.D., dont l'intérêt pour les médicaments d'appariement avec des gènes est autant personnelle que ce est scientifique. Leur mère est morte du cancer du sein il ya 17 ans, quelques semaines avant leur diplôme d'études secondaires.

«Nous voulions créer une base de données complète qui est, quelque chose le long des lignes d'un moteur de recherche Google pour des gènes de maladies convivial», a expliqué Malachie Griffith, un instructeur de la recherche en génétique. "Comme nous nous dirigeons vers la médecine personnalisée, il ya beaucoup d'intérêt à savoir si les médicaments peuvent cibler des gènes mutés chez les patients particuliers ou dans certaines maladies, comme ceux du sein ou le cancer du poumon. Mais il n'a pas été un moyen facile de trouver cette information."

Détails de la base de données d'interaction Drug Gene sont signalés en ligne le 13 octobre dans Nature Methods. La base de données est pondérée fortement vers les gènes du cancer, mais comprend également des gènes impliqués dans la maladie d'Alzheimer, les maladies cardiaques, le diabète et de nombreuses autres maladies. Le Griffiths a créé la base de données avec une équipe de scientifiques de l'Institut de génomique de l'Université Washington à St. Louis.

La base de données est facile de rechercher et orientée vers les chercheurs et les médecins-chercheurs qui veulent savoir si des erreurs dans les gènes de maladies - identifiés par séquençage de génome ou d'autres méthodes - potentiellement pourraient être ciblées avec des traitements médicamenteux existants. Des gènes supplémentaires inclus dans la base de données pourraient faire l'objet de futurs efforts de développement de médicaments parce qu'ils appartiennent à des classes de gènes qui sont censés faire des cibles de médicaments prometteurs.

«Développer la base de données était un travail d'amour pour la Griffiths", a déclaré l'auteur principal Richard K. Wilson, Ph.D., directeur de l'Institut de génomique. «Il ya une incroyable profondeur à cette ressource, qui sera inestimable pour les chercheurs qui travaillent à concevoir de meilleures options de traitement pour les patients."

Wilson et ses collègues soulignent que la base de données est destinée à des fins de recherche et qu'il ne recommande pas de traitements. Le but principal de la base de données est de davantage la recherche clinique visant à traiter plus efficacement les maladies.

"Cette base de données nous amène un peu plus de cet objectif», a déclaré Malachi Griffith. "Ce est une ressource très riche, et nous sommes heureux de mettre à la disposition de la communauté scientifique."

La base de données, ce qui a pris plusieurs années à se développer, est accessible au public et libre d'utilisation. Il comprend plus de 14 000 interactions médicament-géniques impliquant 2600 et 6300 gènes médicaments qui ciblent ces gènes. Un autre 6700 gènes sont dans la base de données parce qu'ils pourraient potentiellement être ciblées avec de futurs médicaments.

Jusqu'à maintenant, les chercheurs veulent savoir si les gènes de la maladie pourraient être ciblées avec des médicaments ont dû chercher fragmentaire à travers la littérature scientifique, des bases de données d'essais cliniques ou d'autres sources d'information, dont certains ne étaient pas accessibles au public ou facilement consultable. En outre, la plupart des bases de données existantes ont différentes façons d'identifier les gènes et les médicaments, un «langage» barrière qui peut transformer une recherche définitive dans un exercice exhaustif.

Les frères Griffith sont des experts en bioinformatique, un domaine de la science qui intègre la biologie et de l'informatique et implique l'analyse de grandes quantités de données. Les frères ont eu l'idée de la base de données d'interaction médicament-génique après qu'ils ont été à plusieurs reprises demandé si des listes de gènes identifiés par séquençage du génome du cancer pourraient être ciblées avec des médicaments existants.

"Il ne devrait pas prendre un assistant informatique pour répondre à cette question", a déclaré Obi Griffith, professeur assistant de recherche de la médecine. "Mais en réalité, nous avons souvent eu à écrire un logiciel spécial pour le savoir. Maintenant, les chercheurs peuvent rechercher rapidement et facilement pour eux-mêmes."

La nouvelle base de données rassemble des informations à partir de 15 bases de données accessibles au public aux États-Unis, Canada, Europe et Asie. Les utilisateurs peuvent entrer le nom d'un seul gène ou des listes de nombreux gènes de récupérer des médicaments ciblant ces gènes. La recherche fournit le nom des médicaments ciblés pour chaque gène et des détails si le médicament est un inhibiteur, un anticorps, un vaccin ou un autre type. Les résultats de la recherche indiquent aussi la source de l'information afin que les utilisateurs peuvent creuser plus profondément, se ils le souhaitent.

La recherche est soutenue par une subvention (U54 HG003079) de l'Institut national de recherche sur le génome humain aux Instituts nationaux de la santé (NIH).

Griffith M, Griffith OL, Coffman AC, Weible JV, McMichael JF, Spies NC, Koval J, Das I, Callaway MB, Eldred JM, Miller CA, Subramanian J, R Govindan, Kumar RD, Bose R, L Ding, Walker JR , DE Larson, Dooling DJ, Smith SM, Ley TJ, Mardis ER et Wilson RK. DGIdb - L'exploitation du génome druggable. Nature Methods. Le 13 octobre 2013.