Séquençage de nouvelle génération ciblé révèle un nombre élevé de mutations génomiques dans malin avancé

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Le séquençage de la génération suivante de tumeurs malignes mésothéliome pleural (MPM) représente un paramètre de mutation complexe avec un grand nombre de modifications génétiques dans les gènes impliqués dans la réparation de l'ADN, la survie cellulaire et les voies de la prolifération cellulaire. Accumulation accrue des mutations est en corrélation avec la progression rapide de la tumeur et une diminution de la survie.

MPM est un cancer mortel associé à l'exposition à l'amiante qui se développe sur les garnitures extérieures des poumons. Le taux de survie à 3 ans ne est que de 8% et la plupart des patients MPM sont diagnostiquées avec la maladie à un stade avancé avec des options thérapeutiques limitées. Séquençage de nouvelle génération (NGS) est une méthode robuste qui détermine l'identité et l'ordre des nucléotides au sein de molécules d'ADN génomique isolé à partir de cellules et ciblée NGS se concentre sur un ensemble spécifique de gènes au lieu de séquençage du génome entier. L'utilisation de NGS a le potentiel de décrire avec précision le type, l'emplacement et le nombre de mutations génétiques dans MPM et de permettre aux associations avec les caractéristiques des patients, y compris les données de survie.

Des chercheurs de l'Université de Turin, Orbassano, en Italie et Saint Antonio et l'Hôpital général Biagio, Alessandria, Italie utilisaient NGS ciblées pour séquencer rétrospectivement 52 gènes dans 123 patients à un stade avancé (stade III et IV) MPM et de l'information clinique complet. Le séquençage a été effectué sur de l'ADN génomique isolé à partir de (FFPE) le tissu tumoral inclus en paraffine d'archives fixés au formol. Séquençage Sanger a été utilisé pour valider les résultats de l'END et immunohistochimie a été utilisée pour examiner l'expression de protéines pour deux des gènes.

Les résultats publiés dans le Journal of Thoracic Oncology, le journal officiel de l'Association internationale pour l'étude du cancer du poumon (IASLC), montrent que les mutations regroupés dans deux voies principales, p53 / réparation de l'ADN et PI3K-AKT. Certaines mutations au sein de la PIK3CA, STK11 ou des gènes associés à TP53 une diminution du temps de progression de la maladie. En outre, il y avait une diminution du temps de progression de la maladie et la survie globale quand il y avait une accumulation de mutations multiples. Enfin, la mutation dans le gène génomique de BAP1, ce qui a donné lieu à des changements des acides aminés dans la protéine BAP1, en corrélation avec la localisation nucléaire de la protéine BAP1.

"Nos résultats montrent que NGS est clairement réalisable malgré les défis très bien connus de fragmentée et faible rendement de l'ADN génomique isolé de tissu tumoral FFPE», a déclaré les auteurs. "Nos données ne ont identifié aucun mutation spécifique comme un gène unique pilote, que l'on trouve dans un adénocarcinome du poumon, mais nos données indiquent que, dans MPM il ya une accumulation de plusieurs mutations non-conducteur, ce qui peut expliquer la très longue phase de latence de cette maladie liée à l'amiante. " Pour l'avenir, les auteurs suggèrent que "certaines des mutations sera en outre évalué les changements fonctionnels et pourraient être attentivement considérés comme facteurs de stratification pour les futurs essais cliniques portant sur l'incidence de-thérapies ciblées dans MPM."